Для успешной с файлами по samba, скаченными при помощи свежеустановленного transmission нужно изменить umask для вновь создаваемых файлов и каталогов демоном transmission и для этого первым делом останавливаем демона:

Ubuntu$ sudo service transmission-daemon stop
 * Stopping bittorrent daemon transmission-daemon      [ OK ]

Если демона не остановить, то все изменения в конфиге не сохранятся …